Последната самостоятелна версия на MS-DOS е 6.22. Microsoft Windows 95 и 98 включваха версия на MS-DOS, известна като 7.0. MS-DOS 7.0 може да се използва в Microsoft Windows, но не може да бъде закупен като самостоятелна версия.

Командният ред на Windows (MS-DOS 7.0) може да изпълнява много от командите, налични в предишните версии на MS-DOS. Някои от командите обаче вече не са налични в MS-DOS 7.0. Ако дадена команда не е налична в MS-DOS 7.0 (Windows 95 и по-нова версия), тя все още може да бъде посочена в нашата помощна страница на MS-DOS. Освен това, ако дадена команда не е налична в MS-DOS 7.0, няма метод за получаване на по-стари MS-DOS команди в MS-DOS 7.0.